Если контроллер нужен только для конфигурирования UniFi AP, и дальше может она работать автономно,
то эти файлы не должны и не могут находиться на контроллере ?!
Внутри точек доступа ничего кроме настроек не лежит. Контроллер нужен. Уже пробовали - точки некоторое время без него работают, потом виснут. Проверье сами.